今天折腾一天,总算是把这个叫“phycial”的东西给搞明白。一开始听这名字,还以为是啥高大上的物理学软件,结果发现,这玩意儿是用来做系统发生分析的,跟我八竿子打不着。
瞎折腾的开始
我完全不知道这是个看到一个教程里提一嘴,说是要用 Phylip 软件包,我就去搜一下。好家伙,这软件名字听起来就够“复古”的,一看就是上个世纪的产物。不过既然教程里提到,我就硬着头皮试试。
下载安装
下载过程倒是挺顺利,不过这软件的界面,真是让人一言难尽。没有图形界面,全靠命令行操作,这对于我这种习惯鼠标点点点的人来说,简直是折磨。
数据准备
要用这软件,得准备好数据。教程里说一堆,什么序列比对、格式转换,看得我头都大。我还是找个现成的示例数据,直接拿来用。毕竟我只是想体验一下这软件,又不是真的要搞科研。
运行分析
数据准备好,接下来就是运行分析。在命令行里敲一堆看不懂的命令,然后,电脑就开始“嗡嗡”地跑起来。我也不知道它在干反正就是等呗。
结果查看
等半天,终于跑完。软件生成一堆文件,我也不知道哪个是哪个。我还是在教程里找到查看结果的方法,打开一个叫“outfile”的文件,看到一堆乱七八糟的数字和符号。我完全看不懂,不过至少证明这软件确实能跑起来。
一些小技巧
- 快速复制: 以前不知道,原来Office里面重复的内容可以不用复制粘贴,直接选中然后按Ctrl+D就行,不过要保证选中的第一行是要复制的内容。
- 无放回随机采样: 有时候需要模拟一些随机事件,比如抽奖。我看网上有提到可以用到 *,不过我没用到这个。
- 检查重复元素: 在处理数据时,有时需要检查列表里有没有重复的,网上说可以用set(),这个我还真试,挺方便的。
总结
这回折腾“phycial”,纯粹是出于好奇心。虽然也没搞明白这软件到底有啥用,但至少体验一把“复古”的感觉。以后如果真有需要用到系统发生分析的时候,再来好好研究。
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